MS 71: Naturals (OMNI) ve Koordinatörler (ZAFT) arasındaki savaşın ortasında, ZAFT'tan bir birim, tarafsız Heliopolis kolonisinde Earth Alliance'ın yeni geliştirilen mobil giysilerini ele geçirmek için gönderilir. Orb Sivil Koordinatörü Kira Yamato, Heliopolis'teki teknik koleje gidiyor. ZAFT, 5 mobil takımdan 4'ünü kaçırdıktan sonra, Kira sonuncusu olan Strike'a rastlar ve kendisinin ve arkadaşının hayatını kurtarmak için pilotluk yapmak zorunda kalır. Bu karışıklık sırasında Kira, ironik bir şekilde bir ZAFT askeri ve Heliopolis'teki korsanlardan biri olduğu ortaya çıkan çocukluk Koordinatörü arkadaşı Athrun Zala ile yeniden bir araya gelir. Strike'ın kontrolünü elinde tutan Kira, çocukluk arkadaşı ve insanlarının düşmanı olma konusunda umutsuzluğa kapılırken arkadaşlarını korumak için Başmelek olarak bilinen gemiye binen Dünya İttifakına katılır.