MS 73: Yachin Due'nin ikinci savaşı, Naturals ve Koordinatörler arasındaki savaşı sona erdirirken, iki ırk arasındaki gerginlikler tüm zamanların en yüksek seviyesine ulaştı. PLANT Başkanı Gilbert Dullindal ve Orb Temsilcisi Cagalli Yula Athha arasındaki toplantı sırasında, bir asker birimi ZAFT'nin yeni geliştirilen Gundam'larını kaçırdı. ZAFT askeri Shinn Asuka, bu kaçırma olayını caydırmak için ZAFT gemisi Minerva sortie'deki arkadaşlarıyla birlikte. Minerva, Cagalli'nin koruması Athrun Zala'nın yardımıyla, ikinci Kanlı Sevgililer savaşının başlamasına yol açan daha büyük bir sorun ortaya çıkana kadar Gundam'ları kaçıran bilinmeyen geminin peşine düşer.