Yalnız bir lise öğrencisine, uluslararası suikastlar gerçekleştirmekle görevlendirilen modern bir ninja olarak hayatının yarı zamanlı işi verilir.

İkinci Dünya Savaşı'ndan sonra Japonya'daki Müttefik Komutanlığı, Pasifik bölgesindeki terörizm ve şiddetin yönetilmesine yardımcı olacak yeni bir teşkilat geliştirdi. Teşkilatın kadrosunda ninjalar vardı ve başlangıçta iç işleri yürütmekle görevlendirilmişlerdi. Sonunda bu program bugünkü biçimine ulaştı ve çeşitli iç ve dış ilişkilerde 20.000 ninjayı yönetti. Bu ninjalardan biri Kudo'dur. On yedi yaşındaki lise zavallısı, artık Tokyo'yu işgal eden yabancı suikastçıların potansiyel artışına karşı bir sonraki savunma hattı olmaya hazırlanıyor.