Fortune Arterial'ın hikayesi, ortaokul ve lise öğrencilerini kapsayan altı yıllık bir İngiliz okulu tarzında prestijli bir devlet okuluna geçen erkek kahraman Hasekura Kouhei'nin etrafında dönüyor. Okul, Japonya anakarasının açıklarında bulunan Tamatsu Adası adlı bir adada ve oraya ulaşmanın tek yolu tekneyle. Transferden kısa bir süre sonra, Sendou Erika'nın yanındaki sınıftaki öğrencilerden birinin aslında bir tür vampir olduğunu keşfeder.