Kanokon'un hikayesi, ülkeden şehre taşınan ve böylece Kunpo Lisesi'ne geçen genç bir lise öğrencisi olan Kouta Oyamada'nın etrafında dönüyor. Yeni okulundaki ilk gününde, güzel bir ikinci sınıf öğrencisi olan Chizuru Minamoto, ondan müzik odasında yalnız başına buluşmasını ister. Geldiğinde, ona aslında bir tilki tanrısı olduğunu ve o günden itibaren ikisi birlikte takıldığını açıklar. Nozomu, Kouta'nın okulunun birinci sınıf öğrencisi, aslında bir kurt tanrısı ve Kouta'ya aşık ve Kouta'nın sevgisinden dolayı Chizuru'nun rakibi.