Japonya'nın yakın geleceğinde, "Mushi" adı verilen grotesk canavarlar ortaya çıkıyor. İnsanlara bulaşırlar, onlara doğaüstü güçler verirler. Mushi'nin ev sahipleri olan "Mushitsuki", toplum tarafından korku içinde tutulur, nefret edilir ve terk edilir... ya da Mushi tarafından öldürülürler. Bunun ortasında lise öğrencisi Kusuriya Daisuke, yeni transfer olduğu okula giderken bir kızla karşılaşır. Her nasılsa, o ve kız, Anmoto Shiika, orada, demiryolu geçidinde dururken, birbirlerini çekici bulurlar. Sanki diğerinde kendi içlerinde eksik olanı tanır gibi ilişkileri hızla derinleşir. Ancak Shiika, Mushitsuki için gizli bir sığınma evi olan GARDEN'dan bir kaçaktır. Mushitsuki'yi bulmaktan ve onları akıl hastanesine kapatmaktan sorumlu olan Tokkan veya Özel Çevre Koruma Ajansı, en iyi ajanları ve en güçlü Mushitsuki'leri olan Kakko'ya avlanmalarını emreder.