Chaos;Head'in hikayesi 2009 yılında Shibuya'da geçiyor ve özel Suimei Akademisi'nde bir lise öğrencisi olan Takumi Nishijō ve "Yeni Nesil" Delilik olarak bilinen Shibuya bölgesinde son zamanlarda meydana gelen garip ve acımasız cinayetler etrafında odaklanıyor. . Hikaye 28 Eylül'de Takumi'nin Grim adında bir çevrimiçi arkadaşıyla konuşmasıyla başlıyor. Takumi yerel veya uluslararası haberlerle ilgilenmediği için Grim, Takumi'yi son Yeni Nesil olaylar hakkında hızlandırmaya çalışıyor. Shogun adında bir kişi, Grim ve Takumi'nin konuşmasının ortasında sohbet odasına katılır. Grim sohbet odasından ayrıldıktan sonra Shogun konuşmaya başlar. Çok şifreli ve kafa karıştırıcı bir şekilde konuşuyor ve Takumi'yi gerginleştiriyor. Daha sonra Takumi'ye, biri kazıklarla duvara sabitlenmiş bir adamın vahşice öldürülmesi gibi görünen bir dizi görüntü bağlantısı gönderir.