Nogizaka Haruka no Himitsu, Yūto Ayase ve Haruka Nogizaka'nın etrafında toplanıyor. Yūto görünüşte sıradan biri ama Haruka çekici, zeki ve zengin, bu da diğer öğrencilerin onu idolleştirmesini sağlıyor. Bir gün, Yūto bir kitabı iade etmek için okul kütüphanesine girer ve yanlışlıkla Haruka'nın en derin, en karanlık sırrına rastlar: O anime ve manganın sıkı bir hayranıdır, başka bir deyişle, sıradan bir otakudur. Haruka'ya bunu bir sır olarak saklama sözü veren Yūto, onun danışmanı ve bir nevi sırdaşı olur.