Yugi Moto adlı genç bir çocuk bir Eski Mısır Bulmacasını çözer ve karanlık ve güçlü bir ikinci benlik ortaya çıkarır. Ne zaman o ve arkadaşları kötülük tarafından tehdit edilse, bu alter ego Millenium Bulmacanın sınırlarından çıkıyor ve zulmedenleri, insanların gerçek doğasını test eden Gölge Oyunları: Yaşam ya da Ölüm durumlarına davet ediyor. Kaybeden veya hile yapanlar, akıl sağlığını ve hatta hayatlarını kaybetmelerine neden olan ciddi cezalara maruz kalır. Arkadaşları Joey, Tristan, Téa ve Miho ile birlikte; Yugi ve karanlık mevkidaşı, Seto Kaiba: Düello canavarları kart oyununun acımasız şampiyonu; ve Yami Yugi'den daha acımasız bir ruh içeren Milenyum Yüzüğüne sahip olan Ryo Bakura. Yugi ve arkadaşları başarılı olacak mı yoksa ruhlarını kaybedecekler mi?