Otuz yıl önce, bilinmeyen istilacı uzaylı yaşam formlarının ani ortaya çıkışı neredeyse dünyanın sonunu getirmişti.

O zamandan beri, insanlık ve İstilacı Türler olarak bilinen bu yaratıklar, yaşam alanları için çatışmaya devam ediyor. İnsan güvenliği zar zor sağlanırken, dünya çöküşün eşiğinde kalmaya devam ediyor. Ölüm ve yıkım tehdidi devam ederken, insanlar etraflarındaki sürekli tehlikeden uzaklaşarak günlük hayatlarına devam ediyorlar. Buna karşılık, Birleşmiş Milletler, İstilacı Türlerin neden olduğu tehditleri araştırmak ve bunlarla mücadele etmekle görevli EXCEEDS adlı bir örgüt kuruyor.

Hikaye, istilacı türleri yok eden genç bir avcı olan Shiina Kuze'nin uzak bir adada yaşadığı Uzak Doğu ada ülkesi Mizuho'da başlıyor. Tek ailesi olan küçük kız kardeşi Setsuna ile sakin bir hayat isteyen Shiina'nın rutini, beklenmedik bir olay meydana geldiğinde bozuluyor ve onu çok daha büyük bir çatışmanın içine çekiyor.