Yirmi birinci yüzyılın derinliklerinde, insan ve makine arasındaki çizgi, insanların mekanik implantların sağladığı iyileştirmelere bağımlı hale gelmesi ve robotların insan dokusuyla yükseltilmesiyle kaçınılmaz bir şekilde bulanıklaşmıştır. Bu hızla yakınlaşan ortamda, siber süper ajan Binbaşı Motoko Kusanagi, insan/makine arayüzünü istismar edebilen ve insanları kendi suç amaçlarını gerçekleştirmek için kukla haline getirebilen "hayalet hackerlar" da dahil olmak üzere en kurnaz ve tehlikeli teröristleri ve siber suçluları takip etmekle görevlendirilmiştir. Binbaşı Kusanagi, bu usta hackerlardan biri olan Kuklacı'nın siber izini sürdüğünde, arayışı onu bilgi ve teknolojinin ötesinde, bilincin ve insan ruhunun doğasının alt üst olduğu bir dünyaya götürür.