Hikaye, MS 2050 yılında geçiyor ve insanlık uzay teknolojisinde istikrarlı bir şekilde ilerleme kaydediyor. Ancak gezegen, aniden gizemli bir düşman tarafından saldırıya uğruyor: 250 yıl sonrasından gelen Eldar güçleri. Onların zamanında, MS 2300 yılında, Eldar gezegeni Dünya tarafından işgal edilmiş ve Dünya'nın Trinity Enerjisi ile kesin bir yenilgiye uğratılmıştı. Bu gizemli enerji, silahlarında kullanılıyor ve bir hidrojen bombasının gücünün kat kat fazlasına sahip. Eldar halkının amacı, bu Trinity Enerjisi kendilerine karşı kullanılmadan önce onu çalmaktır. Eldar güçleri, insanlığın o zamana kadar göç ettiği yerlerden biri olan Jüpiter'in uydusu Io'yu ele geçirerek işe başlar. Bundan sonra, Trinity Enerjisini çalmak için Kozmosaurus lejyonlarıyla Trinity Şehrine saldırmaya başlarlar. Toshiya ve arkadaşları, gezegeni ve Trinity Enerjisini korumak için Tanrı Sigma'yı kullanırlar ve savaş, Io'yu geri almak için uzun bir mücadeleye dönüşür.