Yakın gelecekte dünyanın iklimi değişti ve Batı Pasifik'te sürekli bir süper siklon yarattı: Dünyayı değiştiren ve çoğu ülkeyi sular altında bırakan Büyük Kükreme. Denizcilik ve denizcilik uluslar için önemli hale geldi ve bunu okyanus korsanlarının hayaleti izledi, bu nedenle şirketlerin yatırımlarını korumak için eskort kruvazörleri kiralamasını zorunlu kıldı. Hyousuke Nagimiya, kaptanı Misaki Nanaha ile birlikte bir kadın ekibi tarafından yönetilen Pascal Magi'yi yükseltmek için görevlendirilmiş bir sistem mühendisidir. Mürettebat birlikte, kendilerini kötüleyenlere sadece "Alice Markası" olmadıklarını kanıtlamaya çalışır. Yine de, misyonlarına devam ederken, bu yeni dünya düzeninden yararlanmak için perde arkasında daha büyük bir küresel komplo çalışıyor gibi görünüyor.