Dev bir mekanize savaş kıyafeti olan Aquarion, insanlığın yıldızlararası tehditlere karşı en iyi silahıdır. İnsan pilotlar, binlerce yıl boyunca Gölge Melekleri, istilacı Kaçırıcıları ve kinetik enerji canavarlarını yenmek için birlikte eğitim aldılar ve çalıştılar. İnsanlık bir kez daha Aquarion'a yönelmek zorunda. Dünya'nın kaderi tehlikedeyken, kıyafet insanlığı kurtarmaya yetecek mi?