Ninja Senshi Tobikage, Joe Maya adında bir çocuğun hikayesini anlatıyor. Bir gün Mars'ta yaşayan Joe, uzaylılar arasındaki bir savaşa tanık olur. Zaboom Gezegeni'nden olanlar, Radorio Gezegeni prensesine saldırıyor, evreni fethetmek isteyen Zaboom'un imparatorundan kaçtı ve mars'a çarptı.Joe, prensesler gemisinde tökezledi, bu gerçekleşecek olayların zincirleme reaksiyonunu başlattı. hayatlarını değiştirir. Joe ve arkadaşları, Zaboom imparatoruna ve kuvvetlerine karşı üç güçlü mecha canavarı kullanıyor, ancak olasılıklar onlara karşı ağır bir şekilde yığılıyor. Tüm umutlar kaybolmuş gibi göründüğünde, Tobikage adlı gizemli bir ninja robotu sanki hiçbir yerden yardım sağlamayacakmış gibi görünür, 3 mekanik canavarla birleşerek Tobikage'ye eşsiz bir güç sağlar, yardımcısı Joe ile Zaboom'un güçleriyle savaşır ...