Boukyaku Bataryası, dahi atıcı Haruka Kiyomine ve "General" olarak da bilinen yetenekli yakalayıcı Kei Kaname'den oluşan ünlü bir beyzbol bataryasının hikayesidir. Üst düzey lig günlerinde sadece kazanmakla kalmayıp, aynı zamanda karşı oynadıkları birçok ortaokul oyuncusunun umutlarını ve hayallerini de yıkacak kadar yetenekliydiler. Ancak Kaname hafızasını kaybetti ve ikisi, adı bilinmeyen bir devlet lisesi olan Kotesashi Lisesi'ne girdiler. Aynı okulda, ortaokulda kendilerine karşı oynadıktan sonra beyzbolu bırakan birkaç yetenekli oyuncuyla tanışırlar. Bu onların yeni kurulan bir beyzbol kulübünde tekrar beyzbol oynamak için bir araya gelmelerinin hikayesidir.