Gundam Build Fighters Try'ın hikayesi, 1. serinin bitiminden 7 yıl sonra geçiyor. Şimdi Seiho Akademisi'nin Gunpla Savaş Kulübü'nün sadece bir üyesi var, ortaokulda üçüncü sınıf öğrencisi olan Hoshino Fumina. Kulübün başkanı olarak yaklaşan All-Japan Gunpla Savaş Şampiyonalarına katılmak için iki üyeye daha ihtiyacı var. Bir gün ustasıyla birlikte Kenpo eğitimi için dolaşan Kamiki Sekai adında bir transfer öğrencisi ile karşılaşır. Sonra genç bir Gunpla yapımcısı Kousaka Yuuma'nın katılmasıyla, Gunpla Savaşı'na meydan okumaları başlar ...