"Kaijuu" adı verilen grotesk, Godzilla benzeri canavarlar uzun yıllardır Japonya'da ortaya çıkıyor. Bu canavarlarla savaşmak için Savunma Birliği olarak bilinen elit bir askeri birim, sivilleri korumak için her gün hayatlarını riske atıyor. Bir yaratık öldürüldüğünde, Profesyonel Kaijuu Temizleyici Şirketi'ne bağlı olarak çalışan "süpürücüler"in kalıntılarını yok etme işi bırakılır.

32 yaşındaki Kafka Hibino, temizlikçi olarak yaptığı işten memnun değil. Küçük yaşlardan itibaren Savunma Birliği'ne katılmayı ve geçimini sağlamak için Kaijuus'u öldürmeyi arzuladı. Ancak birkaç başarısız denemeden sonra hayallerinden vazgeçti ve kendisine iyi bir maaş sağlayan sıradanlığa teslim oldu. Ancak Leno Ichikawa adlı 18 yaşındaki hırslı bir aceminin temizlik ekibine katılmasıyla Kafka'ya orduya katılma arzusu bir kez daha hatırlatılır.

Bir dizi talihsiz olay ve genç süpürücüyle etkileşimin ardından Kafka, ağzından zorla içeri giren ve onu insansı bir canavara dönüştüren parazit tipi bir kaijuu ile karşılaşır. Kafka, yeni keşfettiği güçlerle ömür boyu hayalini son kez denemeyi hedefliyor.