Makoto Mizuhara, okulun bilim laboratuarında en son deneyi üzerinde çalışıyor, ancak ara verdiğinde, hayat boyu rakibi Katsuhiko Jinnai ortaya çıkıyor ve cihazı yok etmeye ve Makoto'yu itibarsızlaştırmaya çalışıyor. Bu deneyi aşırı yükler ve Makoto, Jinnai, kız kardeşi Nanami ve öğretmenleri Bay Fujisawa'yı garip ve muhteşem El Hazard dünyasına götürür. Makoto ve Fujisawa, doğrudan Roshtaria Krallığı'na iner ve hemen prenses Rune Venus ile arkadaş olurlar. Jinnai, El Hazard'ı ele geçirmeye kararlı dev bir böcek ırkı olan Bugrom ile ittifak kurarken, kız kardeşi çölde kendi hayatını sürdürmeye çalışır. Makoto, Bugrom'la savaşırken, Kutsal Rahibelerin yardımını alırken ve iblis tanrısı Ifurita'nın her şeyi yok etmesini engellerken umutsuzca eve dönmenin bir yolunu arar.