Uzak gelecekte, insanlık mekanik bedenler satın alarak sonsuza kadar yaşamanın bir yolunu buldu, ancak bu ölümsüzlüğe giden yol olağanüstü pahalı. Yoksul bir çocuk olan Tetsurou Hoshino, evreni dolaşan bir tren olan Galaxy Express 999'da bir geçiş kartı satın almak istiyor çünkü hattın sonunda gemidekilerin ücretsiz olarak mekanik bir gövdeye sahip olabileceği söyleniyor. Ancak Tetsurou'nun annesi, kötü niyetli makine-adam melezi Kont Mecha tarafından vurulduğunda, her şey kaybolmuş gibi görünür. Tetsurou, daha sonra sarı saçlı ve annesine çarpıcı bir benzerlik gösteren gizemli Maetel tarafından kesin ölümden kurtarılır. Ona bir şartla Galaxy Express'e geçiş izni verir: birlikte seyahat etmeleri. Böylece, Tetsurou, en çok arzu ettiği şeyi elde edebilme umuduyla, evren boyunca birçok benzersiz gezegene ve heyecan verici maceralara yolculuğuna başlar.