Doğal afetler Zi gezegenini harap etti ve neredeyse tüm yaşamı öldürdü. Bin yıl sonra insanlar, dalış ve madencilik çabalarıyla antik Zoidleri kurtararak medeniyeti yavaş yavaş yeniden kurdular. En eski eşyası, kutsal bir sembol olarak taptıkları dev bir kılıç olan bir köyde. Genç bir çocuk, derin su kurtarma operasyonu sırasında eski bir Liger tipi Zoid keşfeder. Aniden köy, köyde bulunan güçlü bir jeneratörü çalmaya niyetli iskelet Bio-Zoidler tarafından saldırıya uğrar. Genç kahramanımız Liger'ı uyandırır ve kasabanın kutsal kılıcının Liger'in silahı olduğunu keşfeder, birlikte gizemli Bio-Zoid'lerle savaşırlar. En azından şimdilik...