Zamanın emekleyerek aktığı ve komşunun kanının maviye aktığı bir dünyada, 17 yaşındaki lise öğrencisi Ayato Kamina, her şeyin gerçek olduğu gerçeğiyle eğitilmiş, çevresindeki dünyadan habersiz Tokyo Jüpiter'de günlük hayatına devam etmektedir. medeniyet ama Tokyo yok edildi. Ancak gizemli uygarlık "MU" evini işgal ettiğinde ve gökyüzünden Dolem denilen garip canavarlar şeklinde yıkım yağdığında her şey değişir. Bundan sonra olacak olaylar Ayato'yu Reika Mishima adlı gizemli kadına, varlıklarının gerçeğine, onun ne ve kim olduğunun keşfine ve güçlü melek robot RahXephon'a götürecektir.