AD 199X'te Tokyo yok edildi; şu anda, Youma olarak bilinen kötü varlıklar, yerinde duran bilgisayar tarafından yönetilen Megalocity'yi acımasızca işgal ediyor. Youma, Dünya'nın kontrolünde olmaları gerektiğine inanıyor, ancak Sonic Soldier Borgman şeklinde insanlık için umut var! Ryou, Chuck ve Anice'den oluşan Borgman, siber kostümlere dönüşme ve kötü adamları destansı bir güçle alt etme gücüne sahip. Borgman birlikte şehri savunmalı ve Lord Mesh ve Youma'ya bir son vermelidir!