Tatsumiyajima, Japon adalarının uykulu durgun sularında, küçük bir ada kümesinin ortasında yer alan merkezi adadır. Orada pek bir şey olmuyor ve adanın gençleri, hayatlarının muhtemelen huzurlu ve rahatsız edilmeden kalacağını bilerek okula gidiyor. Ya da onlara öğretildi ... ama gerçek farklı. İnsanlığın kaderi tehlikede ve Tatsumiyajima, düşmanca ve anlaşılmaz bir düşmana karşı son savunma hattıdır. Hepsinin merkezinde, İnsanlığın devam eden varoluşu için savaşan devasa robot Fafner, insanlığın bu son hazinesini koruyan ejderha.