1 Ocak 1995'te bir G-Reactive savaş uçağı test edilirken gizemli bir gökkuşağı ışığına çarparak gözden kayboldu. 5 yıl sonra, iki erkek çocuk, Billy Kimura ve Penny Carter, G-Reactive kullanan yeni bir hızlı trenin başlatıldığı bir tren istasyonunda buluşurlar. Ancak, tren bir gökkuşağı ışık huzmesi tarafından şoka uğradı ve ortadan kayboldu. Bir dizi olay ve tanıdıktan sonra, iki çocuk uzaylıların Dünya'yı istila etmeye başladığını keşfeder. Neyse ki bilim adamları, dünyayı savunabilecek bir savaş uçağı olan Sky Knight'ı geliştirdiler. Dünya dışı varlıklar istila etmeye başlayınca Billy, Penny ve yoldaşları insan ırkını uzaylı tehdidinden kurtarma girişimlerine başlarlar.