Yıl 2015 ve Dünya nüfusunun yarısı öldü, İkinci Etki adı verilen felaketin kurbanları! Gizemli babasının çağrısına cevap veren 14 yaşındaki Shinji Ikari, tıpkı bir "Melek" saldırısı olarak tanımlanan devasa bir yaratık olarak yeniden inşa edilen Yeni Tokyo-3 şehrine gelir! Evangelion olarak bilinen dev bir biyo-mekanik yapının kokpitine zorlanan Shinji, şehri öfkeli Melekten korumalı ya da uğraşırken ölmelidir!