Steins'in karanlık anlatılmamış hikayesi; Kurisu'yu kurtarmak için başarısız bir girişimden kurtulmaya çalışan eksantrik çılgın bilim adamı Okabe ile yol gösteren Gate. Geçmişi unutmak için pes etmeye karar verir ve canlı bilim adamı alter egosunu terk eder. Her şey normal göründüğünde, bir insanın hafızasını depolayan ve karakteristikleri ve kişilikleriyle bir simülasyon yaratan bir cihazı test etmeye başladıklarını söyleyen Kurisu'nun bir tanıdığı ile tanışarak geçmişe geri çekiliyor. . Okabe test etmeye başlar ve Kurisu simülasyonunun ıstırabı ve bazı yeni beklenmedik trajedileri geri getirdiğini öğrenir. Zero, Beta Attractor Field'ın geleceğinden, orijinal hikayenin sonunu mümkün kılmaya katkıda bulunan olayları araştıran bir yan hikaye.