Derin uzayda zulüm ve kanunsuzluk dönemi başladı. İnsanlık kendini korumak için mekanik insanların istilacı gücüyle barışı gönülsüzce kabul etti. Paralı bir donanma kaptanı olan Warrius Zero, Dünya savaşı sırasında yakın ailesini kaybetti. Mekanize galiplere hizmet etmeye indirgenmiş Zero, direnme iradesi olmadan emirlerini yerine getiriyor. Şimdi başka hiçbir şeye benzemeyen bir görev aldı. Zero'ya, herkes tarafından Uzay Korsanı Harlock olarak bilinen tek bir aranan adamı avlamak için evrenin en uzak noktalarına seyahat etmesi emredildi.