Yıl 1999. Amamori Hajime, çalışmaya ve çılgın arkadaşlarıyla takılmaya çalışan normal bir ilkokul öğrencisidir. Ancak bir gün babası üzerinde çalıştığı bir ekipmanı test ederken, bir şey onun patlamasına neden olur ve evi de beraberinde götürür! Artık yetim kalan Hajime, astronom olan amcası tarafından yanına alınır. Orada, amcasının gözlemevinde, daha önce gördüğü ve bir şekilde aşık olduğu bir kızla tanışır. Adının Yukino Yayoi olduğunu öğrenir ve ailesi kasabada bir ramen dükkanı işletir. Ama bundan daha da iyisi, o amcasının yardımcısı! Ne şans! Ama Yayoi tam olarak göründüğü gibi değil. Gözlemevinde Amamori-san'a yardım etmesinin bir nedeni var. O, kendi gezegeni LaMetal tarafından Dünya'ya gitmek ve gezegenin olası imhasına hazırlanmaya yardımcı olmak için özel olarak seçilen Binyıl Kraliçesi (Sen-Nen Joou).