Hikaye 2007 yılında, Profesör Takuma Nekasa'nın insan vücudunun en büyük gizemini çözecek ve insanlığı en büyük tehdidine maruz bırakacak bir gen kodunu ortaya çıkardığında geçiyor. Sonuç olarak, Gawl, Koji ve Ryo - gelecekteki bir dönemden üç genç bilim adamı - bu hatayı geri almak için zamanda geriye gittiler. Üçlü, felaketten bir yıl önce varmayı amaçlasa da, olaydan üç ay önce nakledilirler. Dünyayı kurtarma çabalarında, geleceği olduğu gibi tercih eden bir bilim adamı olan gizemli ve kurnaz Ryuko Saito'ya karşı çıkıyorlar. Saito, insan kılığında doğaüstü suikastçılar olan Jeneratörler tarafından desteklenir. Ryo ve Koji görevlerini tamamlamaya çalışırken, Gawl'ın kendisinin de "üretmesi", onların şartlarına göre savaşan düşmanları gibi olması gerekir.