U.C.'nin Bir Yıl Savaşı sırasında 0079, Dünya Federasyonu'nun "Moore Kardeşliği" ve Zeon Prensliği'nin "Yaşayan Ölüler Bölümü", eski Koloni Tarafı 4 "Moore"da bir sığlık bölgesi olan "Thunderbolt Sektörü"nde şiddetli bir savaşa girer. Zeon'un keskin nişancı sahasına başarılı bir şekilde sızdıktan sonra, as Federasyon pilotu ve caz tutkunu Io Fleming'e en son Gundam prototipinin kontrolü verilir. Yeni Federasyon tehdidiyle mücadele etmek için, ampute Zeon pilotu ve as keskin nişancı Daryl Lorenz, deneysel bir Zaku II birimi ile doğrudan arayüz oluşturmak için insanlığını feda ediyor.