Kaptan Tsubasa, düşünceleri ve hayalleri neredeyse tamamen futbol aşkı etrafında dönen bir ilkokul öğrencisinin tutkulu hikayesidir. 11 yaşındaki Tsubasa Oozora çok genç yaşta futbol oynamaya başladı ve çoğunlukla arkadaşları için sadece eğlence amaçlı bir spor olsa da, onun için bir saplantı haline geldi. Tsubasa, rüyasını ilkokul yeteneklerinin en iyisine gerçekleştirmek için annesiyle birlikte mükemmel ilkokul futbol takımlarıyla tanınan Nankatsu şehrine taşınır. Ancak eski kentinde kolayca en iyisi olmasına rağmen, Nankatsu'nun çok daha fazla rekabeti var ve bu yeni kalabalığın arasından sıyrılmak için tüm becerisine ve yeteneğine ihtiyacı olacak. Sadece rakipleriyle değil, aynı zamanda Tsubasa ile aynı tutkuyu paylaşan güzel kız Sanae Nakazawa ve yetenekli kaleci Genzo Wakabayashi gibi yeni arkadaşlarla da karşılaşır ve hayallerine doğru ilerlemesine yardımcı olan değerli bir arkadaş olduğunu kanıtlayacaktır. Japonya'yı FIFA Dünya Kupası'nda temsil etmek, Tsubasa'nın nihai hayalidir, ancak ona ulaşmak yetenekten çok daha fazlasını gerektirecektir.