Yuuno Scraia, Jewel Seeds yanlışlıkla dünyaya yayıldığında başlattığı sorunu çözmek için uzak bir gezegenden gelen bir büyücüdür. Bir tohumu düzgün bir şekilde mühürlemek için başarısız bir girişimde, bir yaban gelinciği şeklinde Dünya'ya düşer. Ancak, tohumlarla olan savaşı Dünya'ya ulaştığında sona ermedi ve tohumları mühürlemek için başka birinin yardımına ihtiyacı var. Takamachi Nanoha onun telepatik yardım çığlıklarını duyar ve onu kurtarmaya gelir. Kendisine Raging Heart olarak bilinen bir inci verildiğinde, Magical Girl Lirik Nanoha'ya dönüşebilir ve Tohumların içindeki kötülüğü savuşturmak için bir asa kullanabilir. Yuuno'nun görevini tamamlamasına yardımcı olmak için 21 Mücevher Tohumunun tamamını mühürlemesi gerekiyor, ancak Fate, Nanoha'nın hedeflerini engellemek için bu konuda bir el oynuyor olabilir.