Anime, Wendy'nin Peter Pan'ın onu kurtardığını ve Kaptan Hook ile kılıç dövüşü yaptığına dair bir rüya görmesiyle başlar. Wendy ve iki erkek kardeşi, bölümün ilerleyen bölümlerinde Never Never Land'e gider ve Wendy, Lost çocukların 'annesi' olur. Dizi boyunca, korsanlarla savaşan Peter ve Wendy arasında bir romantizm gelişir. Serinin son yarısı, orijinal hikaye hattından farklı bir yöne gidiyor ve ayrıca son bölümlerin önemli bir parçası haline gelen yeni bir karakter (Prenses Luna) tanıtıyor.