Hikaye uzak bir gelecekte geçiyor. Arazi harap durumda ve insanlık mobil kale kenti Plantation'ı kuruyor. Plantation içinde üretilen pilotlar, "kuş kafesi" olarak da bilinen Mistilteinn'de yaşıyor. Çocuklar orada dış dünyadan ya da gökyüzünün özgürlüğünden habersiz yaşıyorlar. Yaşamları misyonları yerine getirmek için savaşmaktan ibarettir. Düşmanları Kyōryū olarak bilinen gizemli dev yaşam biçimleridir ve çocuklar Franxx adlı pilot robotlara karşı yüz yüze gelirler. Çocuklar için Franxx'a binmek onların varlığını kanıtlıyor. Hiro adında bir çocuğa Kod: 016 denir ve bir zamanlar dahi olarak bilinirdi. Bununla birlikte, geride kaldı ve varlığı gereksiz görünüyor. Bir Franxx'ı denememek, varolmayı bırakmakla aynı şeydir. Bir gün, önünde "Sıfır İki" olarak bilinen gizemli bir kız belirir. Kafasından iki boynuz büyür.