Yeni bir denizaltı türü tasarlayan dahi bilim adamı Dr. Oki kayıp. Oğlu Susumu, bilinmeyen bir grubun şeytani bir planını kokluyor. Babasının "Süper 99" adlı denizaltısının her şeyi - ekipman, silahlar, işlevler ve kapasite - biliyor. Susumu, babasını bulmanın gizli örgütü, Miğfer Partisi'ni ortaya çıkarmak ve komplolarını durdurmak olduğunu düşünür. Arkadaşlarının ve Deniz Piyadeleri'nin yardımıyla, çabasının ne kadar tehlikeli olduğunu bilmeden bir su altı macerasına atılıyor ...