Super Mutant Magic Academy, öğrenci topluluğunun mutantlar ve "normal" çocuklardan oluştuğu bir lisede geçiyor. Gizemli bir geçmişe sahip alaycı yeni bir transfer öğrenci olan Marsha'nın gözünden, dizi, romantizm, arkadaşlıklar ve büyüyen mutant güçler arasında tökezleyen çeşitli gençlerden oluşan bir kadronun garip lise mücadelelerini ve ara sıra elde ettikleri zaferleri takip ediyor.