NCIS: Origins'de genç Leroy Jethro Gibbs, kariyerine acemi NCIS Camp Pendleton ofisinde yeni oluşturulmuş bir özel ajan olarak başlıyor ve burada NCIS efsanesi Mike Franks'ın liderliğindeki cesur, ayaktakımından oluşan bir ekipte yerini alıyor.