Headmasters, Galvatron'un Destron Müdürleri Seibertron'a savaş açması için yeni bir Destron grubunu yönetmesiyle başlar. Cybertronlar, Fortress (Fortress Maximus'un başkanı Cerebros) tarafından yönetilen Cybertron Müdürlerinin gelmesiyle kurtarılır. Fortress'in milyonlarca yıl önce enerji arayışı içinde Seibertron'dan ayrıldığı ve sonunda eve dönmeyi başardığı ortaya çıktı. Müdürlerin Usta adlı bir gezegenden olduğunu açıklıyor; orada yaşayan insan boyutundaki robotlar kendilerine Transformers boyutunda bedenler yaptılar.