Tehdit Matrisi, her sabah Başkan'a sunulan ve ABD güvenliğine yönelik mevcut en büyük tehditleri tanımlayan bir belge olan Tehdit Matrisi raporuna yanıt vermek için oluşturulan son derece uzmanlaşmış, elit bir görev gücü hakkında bir saatlik bir dramadır. Ekibin misyonu, ülkeyi uluslararası ve yerel tehditlerden korumak, birleşik uzmanlıklarını ve en son teknolojiyi kullanarak, terörün birçok yüzüyle ve yaşam tarzımızı yok etmeye kararlı düşmanlarla savaşmalarına yardımcı olmaktır. İzleyicileri manşetlerin arkasına ve iç güvenlik dünyasına götüren Tehdit Matrix, iç güvenlik dünyasında ne yaptığımızı, bunu neden yaptığımızı ve işe yarayıp yaramadığını dramatize ediyor.Bu birimin lideri Özel Ajan John Kilmer . Bu eski FBI ajanı, diğerleri arasında FBI, CIA ve NSA'nın teknik becerilerini, ateş gücünü ve uzman ajanlarını çağırmak için Beyaz Saray yetkisine sahip. Kilmer, Başkan'ın operasyon irtibat sorumlusu Albay Roger Atkins'e rapor verir. Kilmer'in eski karısı Özel Ajan Frankie Ellroy-Kilmer, yetenekleri en sert düşmanları alt etmesine izin veren son derece eğitimli bir sorgulama uzmanı ve "profilci" dir. Kilmer'in ekibinin geri kalanında Mısırlı-Amerikan eski CIA ajanı Mo; Eski bir FBI adli tıp uzmanı olan Lia "Lark" Larkin; Miami'den bir DEA ajanı olan Tim Serrano; ve dünyanın dört bir yanından gelen telefon, faks ve radyo sinyallerini yakalayan ve ekibi en son NSA teknolojisi ile destekleyen bir Afrikalı-Amerikalı bilgisayar dehası Jelani.