1651'de Edo Dönemi'nde, 11 yaşındaki Ietsuna, dördüncü Shogun olur ve nüfuzlu baş hizmetlilerini iktidarın dizginlerini ele geçirmek için birbirlerine komplo kurmaya yönlendirir. Bir önceki Shogun, Tokugawa Ieyasu'nun eski vasalları ve koruyucusu olan Iga Ninjaların bir klanı olan Hattori ailesi, o zamandan beri gözden düştü. Üçüncü nesil ataları Hattori Hanzo, şu anda Edo City'deki (şimdi Tokyo olarak bilinen yer) halka açık hamamda usta olarak çalışıyor. Daha fazla siyasi karışıklık ve istikrarsızlıktan korkan Shogun'un sağ kolu Masayuki Hoşina, Hattori Hanzo'nun Ninja Klanının benzersiz becerilerini ve hizmetlerini bir kez daha çağırıyor. Gündüzleri sıradan vatandaşlar kılığına girerler, ancak geceleri hüküm süren Shogun'un otoritesini tehdit etmeye cesaret eden herkese karşı çıkan gizli "Gölge Ordusu" olan "Kage No Gundan" kılığına girerler.