Kaplumbağaların ortaya çıktığı acımasız, şiddetli ve karanlık MIRAGE çizgi romanlarından belirgin bir şekilde farklı olan serinin bu versiyonu, hepsinin en uzun soluklu ve en unutulmaz versiyonu olmaya devam etti. Dört kaplumbağa kanalizasyona düşer ve New York'a gönderilen ve kanalizasyonda yaşamaya zorlanan Japon Hamato Yoshi ile arkadaş olur. Bir gün dört kaplumbağayı insan benzeri yaratıklara dönüştüren garip bir yeşil parıltı görür. Hamato (şimdi Usta Splinter) yeşil parıltıdan dev bir fareye dönüşüyor ve kaplumbağalara, Yoshi'nin baş düşmanı Shredder ve uzaylı bir savaş ağası olan Krang'a karşı savaşmak için Channel 6 haber muhabiri April O'Neil ile ekip kurarken ninjaların becerilerini öğretiyor. Boyut X'ten.