Neil Patrick Harris rol aldığı Billy, A.K.A. Dr. Horrible, dünya hakimiyeti için planları sürekli ters giden tomurcuklanan bir süper kötü adam. İki hedefi: Evil Evil League'e kabul edilmek ve Felicia Day tarafından oynanan çamaşırhanesi ezmek Penny ile konuşmak için cesaretini arttırmak. Yolunda duran tek şey, Billy'nin Nathan Fillion tarafından oynanan süper kahraman kemer düşmanı Kaptan Hammer'dır. Billy büyük bir skorla E.L.E'ye girebilir. ve Penny'nin saygısını kazan, ama onu sadece kaptan Çekiçten uzak tutabilirse...