Sekigahara Savaşı'nın üzerinden on iki yıl geçti. Toyotomi ailesi, Tokugawa Ieyasu tarafından Osaka Kalesi'nde büyük miktarda altınla mühürlendi. Fırtına öncesi sükunet, Tokugawa ve Toyotomi arasında perde arkasında gizli casusluk faaliyetleri yaşandı. O sırada Iga Ninja lideri Kirigakure Saizo yanlışlıkla biri tarafından saldırıya uğradı. Zamanın girdabı, gerçeği aramaya başlayanları yakalar. Sarutobi Sasuke liderliğindeki bir grup Koga, Sanada Yukimura'ya sadakat sözü verir. Saizo, gizemli teknikleri özgürce kullanan efsanevi Fuma (Kotaro) Klanı ile ninjutsu savaşında hayatını tehlikeye atar. Sonunda, bu eylemler Savaşan Devletler döneminin sona ermesine yol açar.