Hunter × Hunter'ın hikayesi, bir gün her zaman kendisine söylenen babanın öldüğünün canlı ve iyi olduğunu keşfeden Gon Freecss adlı genç bir çocuğa odaklanır. Babası Ging Freecss'in efsanevi bir Avcı olduğunu, herhangi bir yere gitme veya herhangi bir şey yapma lisansıyla insanlığın seçkin bir üyesi olduğunu kanıtlayan kendini kanıtlamış bir kişi olduğunu öğrenir. Babasının, hayallerini sürdürmek için Gon'u akrabalarıyla terk etmesine rağmen, Gon babasının ayak izlerini takip etmeye, Hunter sınavını geçmeye ve sonunda babasını bulmaya ve kendi başına bir Avcı olarak kendini kanıtlamaya karar verir.