Kobato, bir sözleşmesi olan tatlı, şımarık, sevimli ama naif bir kızdır: belirli bir yere gitmek için gizemli bir şişeyi insanların "iyileşmiş kalpleri" ile doldurması gerekir. Ancak kısıtlama, dört mevsim bitmeden bitirmesi gerektiğidir. Kobato görevini yerine getirmeye çalışırken, ona bir köpek peluş şeklinde bir ruh olan Ioryogi eşlik eder. Ioryogi, kendisine ve manevi dünyadaki arkadaşlarına uygulanan bir cezadan sorumlu olduğu için, Kobato'ya rehberlik etmeli ve onun ve arkadaşlarının gerçek biçimlerine dönebilmeleri için görevini başarmasını sağlamalıdır.