Fütüristik bir evrende insanlık, Zentradi olarak bilinen dev bir ırka karşı savaştı. Düşmanlarının elinde yok olma tehlikesiyle karşı karşıya kalan insanlık, yıldızlara kaçtı. 2059 yılında, Macross Frontier olarak da bilinen 25. Giant Immigration filosu, galaksinin merkezine doğru yolculuğuna devam ediyor. Macross Frontier'deki yaşam çoğunlukla normal bir şekilde ilerliyor. Ancak ünlü şarkıcı Sheryl Nome ziyarete geldiğinde işler ters gider. Vajra olarak bilinen gizemli biyomekanik uzaylılar ortaya çıkar ve tam vatandaşlar Sheryl için yaygara koparmakla meşgulken saldırır.17 yaşındaki öğrenci makine pilotu Alto Saotome uzaylı tehdidine karşı savaşa katılır. Bir Varja'ya karşı savaşırken Alto, Ranka Lee adında genç bir kızı kurtarır. Binbaşı Ozma Lee, Alto'nun savaşı sırasındaki becerisini not eder ve onu Stratejik Askeri Hizmetler programına alır. Ancak Alto'nun geçmişinin hayaletleri ona musallat olduğu için işe alımı sorunsuz gitmez.