Hikaye 1920'lerin Tokyo'unda geçiyor. Film, İmparatorluk Başkenti Tokyo'yu kötülüğe karşı savunurken, tamamen kadınlardan oluşan ve Imperial Assault Force - Flower Division olarak bilinen gizli görev gücünün maceralarını anlatıyor. Yeni mezun olmuş İmparatorluk Donanması Ensign Ichiro Ogami tarafından yönetiliyorlar ve bu ekip, daha önce yalnızca yüksek ruhsal güce sahip kadınların kullanabileceği özel bir zırh türünü kullanma konusundaki benzersiz yeteneği nedeniyle kısmen atanmıştı. Ortam sonunda Paris ve New York gibi diğer yerlere taşındı.