Var olduklarını bilmeyen bir dünyayı korumak. Mutant X genetik mühendisliğinin bir sonucu olarak olağanüstü güçlere sahip insan mutantlarından oluşan bir ekiptir. Yüzlerce şüpheli olmayan konu gibi, bu insanlar gizli bir hükümet projesinde yapılan gizli deneylerde değiştirildi. Olayların kontrolden çıktığını fark eden bu olayları yaratan organizasyon, acil bir "ürün geri çağırma" nda onları avlıyor. Mutant X'in misyonu yeni mutant arkadaşlarını aramak, şaşırtıcı yeteneklerini kabul etmelerine yardımcı olmak ve onları yaratıcılarından korumaktır.