Anime'nin hikayesi, bizimkinden ayrı doğaüstü bir dünyada yaşayan Hanako'nun etrafında dönüyor. Hanako, okul çocuklarının başı dertte olduğunda ortaya çıkar; o, yerel okulda tuvalette yaşayan bir hayalet olan Hanako hakkındaki kalıcı bir Japon şehir efsanesinin hayırsever bir versiyonu.